清洁培养皿是一个繁琐的过程，但是这个过程可以让实验变得更有效率。如果培养皿没有清洗干净，实验者需要浪费更多时间处理实验数据。而且如果培养皿彻底清洁，实验者就可以更有效地进行实验。
手动清洁培养皿：
一般要经过浸泡、擦洗、酸洗、清洗四个步骤。
1、浸泡：新的或用过的玻璃器皿应先用水浸泡，以软化和溶解附着物。新玻璃器皿使用前应先用自来水简单擦洗，然后在5%盐酸中浸泡过夜；用过的玻璃器皿往往附着有大量的蛋白质和油脂，干燥后不易洗掉，所以使用后应立即浸入清水中擦洗。
2、擦洗：将浸泡过的玻璃器皿放入洗涤剂水中，用软刷反复擦洗。不留死角，防止损坏器皿表面光洁度。将清洗干净的玻璃器皿洗净并晾干以进行酸洗。
3、酸洗：酸洗是将上述器皿浸泡在清洗液也称酸液中，通过酸液的强氧化作用，除去器物表面可能残留的物质。酸洗时间不应少于六小时，通常过夜或更长时间。小心使用餐具。
4、冲洗：擦洗、酸洗后的器皿必须用水充分冲洗。酸洗后器皿是否冲洗干净直接影响细胞培养的成败。腌制后的器皿要手洗，每件器皿必须反复“注水-清空”至少15次，最后用双蒸水浸泡2-3次，晾干或晾干，包装备用。

XPZ的清洗方法实验室玻璃器皿清洗机清洁培养皿：
清洗数量：单批可清洗168个培养皿
清洁时间：40分钟完成清洁
清洗流程： 1、将待清洗的培养皿（新的可以直接放入洗瓶机，有培养基的培养皿尽量倒出一块较大的培养基）放入配套的篮子中洗瓶机的。一层可清洗56个培养皿，三层一次可清洗168个培养皿。
2、关闭洗瓶机门，选择清洗程序，机器将自动开始清洗。清洗过程包括预清洗——碱主洗——酸中和——纯水漂洗。
3、清洗结束后，洗瓶机门自动打开，取出清洗后的培养皿，移至灭菌设备进行灭菌
生物实验室培养皿的清洁是实验室管理中非常重要的一部分。使用全自动洗瓶机代替人工清洗，可以避免交叉污染影响实验数据，保护实验人员的健康，提高实验效率。